Фамилия Апитонян — армянская, и понять её происхождение проще всего через суффикс. Суффикс -ян (в старой орфографии -янц) в армянском языке означает принадлежность к роду, буквально «из дома такого-то» или «сын такого-то». В XIX веке, когда Восточная Армения вошла в состав Российской империи, крестьянам и ремесленникам массово присваивали фамилии по отцу, и эта модель закрепилась. Апитонян — типичный случай: фамилию образовали от мужского личного имени Апит или Апито.

Что это за имя? Скорее всего, Апит — разговорная или диалектная форма какого-то более полного имени. В армянской ономастике часты упрощения греческих, персидских или библейских имён в быту. Апит мог быть сокращением от Аветик (арм. «благая весть») или от Апите — варианта латинского имени Апий (Appius). Вторая версия — от армянского слова «апит» (жилище, крыша), но это маловероятно для личного прозвища. Если и допустить, то фамилию могли дать по роду занятий: предок был строителем или кровельщиком, хотя для армянских фамилий такой путь нетипичен.

Спорных версий немного. Некоторые любители этимологии пытаются связать корень с греческим «апитос» (неутомимый) или тюркским «апит» (уважаемый), но для армянской фамилии это натяжки. Греческое влияние через Понт возможно, но маловероятно для столь простой формы. Правдоподобнее всего считать, что Апитонян — это «род Апитов», где Апит — старое, ныне почти неупотребительное личное имя, сохранившееся только в фамилиях.

Географически фамилия редкая. Её носители встречаются в основном в Армении и среди армянской диаспоры. В России Апитонян могла появиться через миграции советского времени, но массового распространения не имеет. Социальный контекст: предки, скорее всего, были крестьянами или городскими ремесленниками из исторической области Васпуракан или Сюник, где такие имена бытовали до начала XX века.