Фамилия Апитин — один из тех случаев, когда внешне простая форма скрывает неочевидную этимологию. На первый взгляд в ней угадывается суффикс -ин, который в русских фамилиях обычно указывает на принадлежность: «чей?» — Апитин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Апит, Апита. Но что стоит за этим корнем?

Самая вероятная версия связывает Апитина с крестильным именем Апполинарий (в просторечии Аполлон, Аполлинарий). В народной речи это длинное имя часто сокращали до кратких форм — Апя, Апа, Апит. Суффикс -ит в основе Апит выполнял роль бытового уменьшительного варианта: Апит — от Апий или Апа. Фамилия Апитин тогда означает «сын Апита», то есть потомка человека, которого в обиходе звали Апитом — производным от Апполинария. Эта модель типична для русских фамилий, образованных от канонических имён через усечение основы, и именно она выглядит наиболее убедительной.

Менее распространённое, но заслуживающее внимания объяснение — связь с диалектным словом «апит» или «опить». В некоторых южнорусских говорах так называли человека, который много пьёт, или, наоборот, того, кто «опивает» кого-то (например, за чужой счёт). В этом случае фамилия Апитин — от прозвища Апито (пьяница, попрошайка выпивки) с суффиксом -ин. Однако эта версия слабее: прозвища с таким корнем встречаются редко и в основном фиксируются в воронежских и курских говорах, где слово «опить» имело значение «выпросить выпить». Для фамилии, распространённой в центральной России, такая основа маловероятна.

Географически фамилия Апитин редкая. Основные очаги её бытования — центральные регионы России (Тверская, Московская области) и Поволжье. Встречается также у старообрядцев, что косвенно подтверждает версию о происхождении от церковного имени: староверы часто сохраняли архаичные формы имён и фамилий, не затронутые никоновской реформой.

Словообразовательно фамилия Апитин стоит в ряду таких же «усечённых» фамилий, как Апарин (от Апарий, Апполинарий), Апинов, Апишев. Но в отличие от них, Апитин использует редкий суффикс -ит в основе, что делает её своеобразным маркером локальной или семейной традиции имянаречения. Скорее всего, предок носителя фамилии был человеком с именем Апполинарий, которого в обиходе звали коротко и по-свойски — Апит.