Фамилия Апоняйкин — один из тех редких случаев, когда суффикс подсказывает ответ быстрее, чем корень. Она образована по модели, типичной для русского Северо-Запада и Поволжья: основа на -яй (Апоняй) плюс притяжательный суффикс -кин. Это значит, что родоначальника звали Апоняй.

Что такое «Апоняй»? Это не полное имя, а производная, уменьшительно-ласкательная форма от канонического крестильного имени Агафон (в просторечии часто звучало как Апон, Апоня). Имя Агафон греческого происхождения, означает «добрый», «благой». В русской деревне его переделывали на свой лад: Агафон — Апоня — Апоняй. Суффикс -яй (как в именах Миняй, Митяй) придавал имени оттенок простонародной фамильярности, часто встречался в среде крестьян и посадских людей.

Таким образом, Апоняйкин в буквальном смысле — «сын Апоняя», то есть внук или потомок Агафона. Форма на -кин, а не на -ов, указывает на то, что исходное имя заканчивалось на гласный или мягкий согласный (Апоняй). Географически фамилия привязана к регионам, где было распространено «аканье» и стяжение гласных: Псковская, Новгородская, Тверская области, а также Поволжье.

В написании фамилии есть одна особенность: в корне стоит «о», хотя по произношению многие могут записать её как «Апаняйкин». Это письменная норма, закреплённая за полногласным вариантом имени Агафон. Если бы фамилия происходила от имени Апанас (просторечная форма Афанасия), она звучала бы как Апаняйкин — с «а» в корне. Так что буква «о» в первом слоге — верный ключ к тому, что предка звали именно Агафоном.

Сословно фамилия почти наверняка крестьянская или мещанская. Дворянские роды с таким окончанием (-яйкин) в России не фиксировались. В метрических книгах XIX века Апоняйкины встречаются в основном среди государственных и помещичьих крестьян северных и центральных губерний. Фамилия редкая, в современных списках распространения не входит даже в первую тысячу, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы Апоняйкин, скорее всего, ваши корни уходят в одну из перечисленных областей.