Фамилия Апонина — женская форма, её мужской вариант — Апонин. В центре внимания здесь не географическая привязка и не сословная история, а редкая модель образования и возможная путаница с более известной фамилией.

Основа фамилии — Апоня. Это краткая, обиходная форма одного из крестильных имён. Чаще всего так в быту называли Аполлинария (от греческого «посвящённый Аполлону»). В русских деревнях длинные имена «сокращали» до двух-трёх слогов, и Аполлинарий превращался в Апоню. Суффикс -ин стандартно указывает на принадлежность: Апонин — «сын Апони», то есть потомок человека, которого звали Апоней.

Вторая, менее вероятная версия — происхождение от нецерковного прозвища Апоня. В диалектах русского севера и Сибири словом «апоня» могли называть человека медлительного, вялого или, наоборот, неряшливого. Однако следов такого прозвища в письменных источниках почти нет, поэтому версия с крестильным именем Аполлинарий выглядит убедительнее.

Стоит различать Апонина и фамилию Апонин (с ударением на второй слог). Вторая фамилия, как правило, ведёт род от греческого имени Апполоний и встречается чаще. Апонины — штучная, редкая фамилия, которая не попала в массовые списки дворянских или купеческих родов. Это значит, что предки носителя фамилии были, скорее всего, крестьянами или посадскими людьми, а сама фамилия закрепилась в каком-то одном регионе — возможно, в Поволжье или Центральной России, где имя Аполлинарий было в ходу.

Единственная деталь, которая выделяет Апонина среди десятков похожих фамилий (Апанин, Апонин, Аполлонов), — это суффикс -ин при основе на -я. Такая модель типична для северных и центральных русских говоров, в то время как на юге и западе чаще встречались фамилии с суффиксом -ов/-ев. Поэтому, если искать корни Апониных, стоит обратить внимание на старые переписные книги Ярославской, Костромской или Вологодской губерний.