Фамилия Апоненко — яркий пример восточнославянской фамилии, образование которой выдает её украинские или белорусские корни. Её разбор стоит начать с суффикса: продуктивный суффикс -енко в XVI–XVII веках закрепился в украинской антропонимии как обозначение потомка по отцу («сын Апона»). В русском языке аналогичную роль играли суффиксы -ов/-ев, поэтому Апоненко — чёткий маркер юго-западного ареала.

Сам корень восходит к каноническому крестильному имени Аполлон (от греческого «губитель» — эпитет бога света в античной мифологии). В народной речи имя упростилось до форм Апполон, Аполон, а затем и до краткого Апон. Такое сокращение типично для бытового общения: Афанасий становился Афоней, Аполлон — Апоном. Соответственно, Апоненко — это «потомок Апона», то есть человека, носившего имя Аполлон или его просторечный вариант.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с прозвищем Апон. В южных говорах «апоня» могло означать нерасторопного, простоватого человека. Однако эта гипотеза слабая: прозвище не зафиксировано в словарях диалектной лексики, а имя Аполлон было широко распространено среди крестьянства после христианизации, что делает антропонимическую версию основной.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным регионам Украины, встречается в Полтавской, Черкасской и Киевской областях. В России она редка и обычно принадлежит потомкам переселенцев с Украины в XVIII–XIX веках. Сословная принадлежность предков, скорее всего, крестьянская или казацкая — именно в этих слоях украинского общества фамилии на -енко были массовыми.

В написании фамилии возможны варианты: Апоненко и реже Аппоненко (с удвоенной «п»). Второй вариант — следствие книжного влияния, когда имя Аполлон записывали с двумя «п», а затем это перенесли на фамилию. Однако исторически верная форма — с одной «п», так как в разговорной речи имя сокращалось до Апон.