Фамилия Аптинеева — редкий случай, когда основа, скорее всего, происходит не от имени или профессии, а от прилагательного, описывающего внешность или характер. В её основе лежит слово «апти́ный» — диалектная форма от «оптный», то есть «сытый, обильный, полный». В южнорусских и некоторых украинских говорах «оптный» означало не только «насытившийся», но и «дородный», «грузный», «видный» человек. Соответственно, прозвище Апти́н давали человеку плотного телосложения, крепкому и основательному.

Женская форма фамилии — Аптинеева — образована по стандартной модели: к основе мужской фамилии Аптинеев (через суффикс -ев, принадлежащий отцу) добавили окончание -а. То есть буквально «дочь или жена Аптинеева», а в конечном счёте — «потомок Апти́на». Суффикс -еев здесь не случаен: он указывает на то, что исходное прозвище Аптин оканчивалось на твёрдый согласный, и при образовании фамилии добавился суффикс -ев, который в некоторых говорах превратился в -еев (как в фамилиях Тимофеев, Алексеев).

С географической точки зрения фамилия Аптинеева встречается крайне редко. Основной ареал — юг России, в частности Ростовская и Волгоградская области, где диалектное слово «оптный» было в ходу. Встречается также вариант написания через «о» — Оптинеева, что подтверждает связь с акающим произношением.

Версия о связи со словом «аптека» (от греческого apotheke — склад) маловероятна: для этого фамилия звучала бы как Аптекин или Аптекарев. Также не стоит путать с тюркским именем Аптин (вариант Абдин) — в таком случае фамилия писалась бы через «д» и имела бы другую географию. Таким образом, наиболее правдоподобное объяснение — прозвище по внешнему признаку, закрепившееся в крестьянской среде юга России.