Фамилия Аптикеев образована от марийско-башкирского имени Аптикей. Его значение двойственное, и это делает фамилию особенно интересной для этимолога. С одной стороны, в переводе с марийского «аптик» означает «охотник». В этом случае родители, называя сына Аптикеем, желали ему стать удачливым добытчиком — имя-пожелание, распространённый тип в тюркских и финно-угорских культурах.

Но есть и другая, «охранительная» версия. На киргизском языке «аптик» значит «запинаться в словах (от волнения, сильной одышки)». По народным верованиям, такое имя давали ребёнку, чтобы обмануть злых духов: назвали «заикой», а мальчик вырос красивым и здоровым. Это типичный приём — имя-оберег, отталкивающий несчастья.

В основе фамилии лежит тюркская модель с суффиксом -ев, который присоединили к русскому окончанию -ей. Исходное имя Аптикей в бытовом произношении могло звучать как Аптикей, а затем по законам русской грамматики превратилось в фамилию Аптикеев (чьих? — сын Аптикея). Суффикс -ев указывает на патроним (отчество), застывшее в фамилии.

С точки зрения географии, фамилия тяготеет к регионам Поволжья и Приуралья — местам контакта марийского, башкирского и русского населения. Именно там такие двуязычные модели (финно-угорская основа + русский суффикс) встречаются чаще всего. Встречается и вариант написания Аптикеев с одной «п», но двойная «п» в корне (от «аптик») более точна этимологически.

Если верна марийская версия, предки носителя фамилии могли быть охотниками или людьми, промышлявшими в лесу. Если верна охранительная — имя защищало от сглаза, и это говорит о сильных народных верованиях в семье. Обе гипотезы не противоречат друг другу: в разных родах имя могли давать с разным смыслом.