Фамилия Аптикаева образована от личного имени Аптикай, которое встречается в марийской и башкирской среде. Значение этого имени спорное, и лингвисты предлагают как минимум две версии его происхождения.

Первая версия отталкивается от марийского языка, где «аптикай» переводится как «охотник». В этом случае имя было пожелательным: родители надеялись, что сын вырастет удачливым добытчиком. Вторая версия связывает имя с киргизским словом «аптик» — «запинаться в словах, говорить с одышкой от волнения». Здесь срабатывает обратная логика: имя давали как оберег, чтобы уберечь ребёнка от речевых недостатков. Называя мальчика Аптикаем, родители как бы «отводили» от него возможный дефект речи.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Аптикай добавили суффикс -ев (вместо -ов после мягкого согласного) и окончание -а, указывающее на женскую линию рода. В мужском варианте фамилия звучит как Аптикаев.

Географически фамилия тяготеет к Волго-Уральскому региону, где исторически пересекались марийские, башкирские и татарские влияния. Точное место и время возникновения рода Аптикаевых можно установить только через углублённые генеалогические изыскания, так как процесс закрепления фамилий у нерусских народов шёл неравномерно и растянулся на несколько столетий.