Фамилия Апунников — редкий случай, где географическая привязка оказывается едва ли не важнее этимологии. Если вы её носитель, велика вероятность, что ваши предки родом с Русского Севера, из Архангельской или Вологодской губерний. Там, в поморских и севернорусских говорах, и стоит искать разгадку.

Начнём с модели: суффикс -ов отвечает на вопрос «чей?», а основа Апунник — прозвище. В северных диалектах «апуня» (или «опунь») означало медлительного, неповоротливого или сонного человека. Но есть и более конкретная версия: у поморов «опунь» — это меховая опушка, оторочка на одежде. Прозвище могли дать либо тому, кто шил такие опушки (скорняку), либо человеку, носившему одежду с заметным меховым воротником. Вторая версия правдоподобнее: фамилии от названий частей одежды встречаются часто (Рукавишников, Шапкин), а «опунь» — слово узколокальное, что и объясняет редкость фамилии.

Встречается вариант написания Опупников, но он ещё реже и может быть искажением. Словарь Б. Унбегауна не фиксирует «Апунникова» среди распространённых фамилий, что подтверждает её локальный характер. Искать однокоренных «родственников» стоит среди фамилий с основой на «Опун-» или «Апун-»: Опуньков, Опункин. Они, скорее всего, вышли из того же северного гнезда.

Апунников — не «аристократическая» и не «духовная» фамилия, а типичное северное прозвище, закрепившееся за родом. Предок мог быть либо неспешным человеком, которого дразнили «апуней», либо мастером-скорняком, чей промысел дал прозвище всей семье. Интересно, что сам суффикс -ов в данном случае указывает на относительно позднее оформление фамилии — уже после XV–XVI веков, когда северные прозвища начали переходить в наследственные именования.