Фамилия Апушникова образована по самой распространённой в русской ономастике модели: от мужской формы Апушников с помощью суффикса -а, указывающего на принадлежность женщине (жена, вдова, дочь). В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Апушник. Что оно означало — вопрос более сложный, чем кажется на первый взгляд.

Наиболее вероятная версия связывает корень «апуш-» с диалектным словом «апушка» — так в некоторых говорах называли опушку леса или край одежды. В этом случае Апушником могли прозвать человека, жившего на краю деревни, у опушки, либо того, кто носил одежду с оторочкой, каймой — например, тулуп с меховой опушкой. Версия правдоподобна, так как топографические прозвища (по месту жительства) и прозвища по деталям одежды — одни из самых частых источников русских фамилий.

Менее вероятна, но не исключена связь с тюркскими языками, где корень «апуш» мог означать «чистый», «белый» или быть вариантом имени Абуша (от арабского «отец»). Однако для фамилии, закрепившейся в центральных и северных русских регионах, славянская диалектная основа выглядит убедительнее. Встречаемость фамилии в современных документах невысока, что говорит о её локальном происхождении — скорее всего, из одной или нескольких соседних деревень.

Фамилия Апушникова — пример того, как за простой на первый взгляд основой может скрываться бытовая деталь: человек, обживший край леса, или тот, чей воротник выделялся меховой опушкой. Никакого сложного социального статуса или иностранного корня здесь не требуется — достаточно внимания к языку, на котором говорили предки.