Фамилия Архонтов — редкий случай в русском ономастиконе, где церковный титул стал основой для фамилии. В прямом значении «архонт» (от греческого άρχων — начальник, правитель) — это высшее должностное лицо в Древних Афинах, но в русскую культуру слово пришло через церковную иерархию. В православной традиции архонтами называют высших церковных сановников, иногда — почётных членов братств при храмах. Фамилия образована по стандартной модели на -ов: к основе «архонт» добавили патронимический суффикс, указывающий на принадлежность. Буквально Архонтов — «сын архонта» или «из семьи архонта».

Вероятнее всего, прозвище Архонт дали не самому высокому чину, а человеку, который служил при архонте — например, прислужнику, писцу или управляющему в церковном хозяйстве. Такие прозвища часто давали по должности, которую человек занимал или с которой был связан его отец. Менее вероятно, что фамилия произошла от греческого имени Архонт — такие имена встречались в греческих колониях Причерноморья, но в русской среде они были единичны.

Фамилия встречается крайне редко, преимущественно в южнорусских и украинских землях, где было сильнее греческое влияние через церковные связи. В списках дворянства Архонтовы не значатся — фамилия оставалась в среде духовенства и мещан. Похожая модель образования — у фамилий Иереев, Дьяконов, Протопопов. Все они указывают на происхождение от служителей церкви, но Архонтов стоит особняком: если протопопов или дьяконов на Руси было множество, то архонтов — единицы. Это намекает на то, что предок носителя фамилии мог быть связан не с обычным приходом, а с каким-то конкретным храмом или братством, где существовала такая должность.