Фамилия Арнатовский — одна из тех, что сразу наводит на мысль о дворянском или шляхетском происхождении. И это обоснованно: суффикс -ский в русской и польской традиции чаще всего указывает на связь с конкретным местом. В Польше и на западнорусских землях такие фамилии были маркером шляхты, а в Российской империи их активно использовало духовенство и разночинцы, получавшие фамилии по названиям приходов или местечек.

В основе фамилии лежит топоним — Арнатово или Арнатов. Чтобы понять, откуда взялось такое название, нужно разобраться с корнем. Самое прямое объяснение — это искажённое «арнаут». В южнорусских и украинских говорах так называли албанцев, служивших в турецкой армии, а позже — иррегулярные балканские отряды. В Малороссии «арнаутами» звали наёмных сторожей или пастухов, часто выходцев с юга. Значит, прозвище Арнат мог получить человек либо по этническому признаку, либо по роду занятий. От этого прозвища и образовалось название села или хутора, а уже от него — фамилия его владельцев или жителей.

Есть и другая, более книжная версия. Греческое слово «арна» означает «ягнёнок». В этом случае фамилия могла быть искусственной, семинарской, образованной от латинизированной основы «арнатус» (ягнячий). Такие фамилии давали воспитанникам духовных училищ, и они не имели бытовой основы, а были придуманы наставниками.

Географически фамилия Арнатовский привязана к западным губерниям Российской империи — Волынской, Подольской, Киевской. Там встречаются села с похожими названиями, например, Арнаутово. Носители фамилии — это, скорее всего, потомки либо обедневшей шляхты, которая перешла в однодворцы или мещане, либо священников, получивших фамилию по месту службы. В любом случае, разгадка фамилии лежит в названии конкретного места, где жил предок.