Фамилия Арукаева образована от мужского имени или прозвища Арукай. Основа здесь — тюркское слово «арук» (усталый, слабый, изнурённый) или, что вероятнее, «арык» (худой, тощий). В диалектах тюркских языков звук «ы» мог переходить в «у», поэтому Арукай — это, скорее всего, «худышка», «тощий человек». Такие прозвища давали не в обиду, а по внешнему признаку: худощавого, долговязого или болезненного ребёнка могли прозвать Арукаем, и это имя закреплялось за ним в быту.

Суффикс -ев указывает на русскую модель образования фамилий от тюркских основ. Обычно фамилии на -ев/-ов получали от имён, оканчивающихся на согласный или -й: Арукай → Арукаев. Женская форма Арукаева — это вариант, закрепившийся за потомками по мужской линии. В русской традиции фамилии на -ев характерны для Поволжья, Приуралья и Сибири — регионов, где веками жили татары, башкиры, казахи и другие тюркские народы. Арукаевы, скорее всего, выходцы из этой среды, принявшие православие или сохранившие родовое имя в документах.

Встречается и более редкая версия: от арабского имени Арука (вариант Арукат), что значит «благословенная», но тогда фамилия должна была бы звучать как Арукина или Арукатова. Форма Арукаева с суффиксом -ев явно указывает на тюркское мужское прозвище, а не на женское имя. Поэтому основная гипотеза — прозвище по внешности или состоянию.

По сословной принадлежности Арукаевы в XIX веке могли быть государственными крестьянами, казаками или мещанами — фамилия недворянская, без приставки «князь» или «граф». Встречается она в основном в Оренбургской, Челябинской областях и в Башкортостане, что подтверждает её урало-поволжские корни. Носители фамилии сегодня — это потомки тех самых «худощавых» Арукаев, чьё прозвище стало родовым именем.