Фамилия Арукаева — типичный пример того, как тюркское прозвище прижилось в русской фамильной модели. Её основа — мужское имя или прозвище Арукай. Происходит оно от тюркского слова «арык» (худой, тощий), которое в некоторых диалектах звучало как «арук». Такой переход «ы» в «у» — обычное дело в тюркских языках, поэтому Арукай означает «худышка» или «тощий человек». Прозвище давали по внешнему признаку: долговязого, болезненного или просто очень худого ребёнка могли называть Арукаем, и это имя закреплялось за ним в быту, а затем перешло в документы.

Суффикс -ев указывает на русскую модель образования фамилий от тюркских основ. Обычно фамилии на -ев/-ов получали от имён, оканчивающихся на согласный или -й: Арукай → Арукаев. Женская форма Арукаева — это вариант, закрепившийся за потомками по мужской линии. В русской традиции фамилии на -ев характерны для Поволжья, Приуралья и Сибири — регионов, где веками жили татары, башкиры, казахи и другие тюркские народы. Арукаевы, скорее всего, выходцы из этой среды, принявшие православие или сохранившие родовое имя в документах.

Есть и более редкая версия: от арабского имени Арука (вариант Арукат), что значит «благословенная». Но тогда фамилия звучала бы как Арукина или Арукатова. Форма Арукаева с суффиксом -ев однозначно указывает на тюркское мужское прозвище, а не на женское имя, поэтому основная гипотеза — прозвище по внешности.

По сословной принадлежности Арукаевы в XIX веке могли быть государственными крестьянами, казаками или мещанами — фамилия недворянская, без приставки «князь» или «граф». Встречается она в основном в Оренбургской, Челябинской областях и в Башкортостане, что подтверждает её урало-поволжские корни. Носители фамилии сегодня — это потомки тех самых «худощавых» Арукаев, чьё прозвище стало родовым именем.