Фамилия Арюпина — женская форма фамилии Арюпин, и её разговор лучше начать не с морфологии, а с живого слова. В основе лежит редкое прозвище или некалендарное имя Арюпа. Чтобы понять, откуда оно взялось, нужно заглянуть в южнорусские и сибирские говоры: там «арюпа» — нерасторопный, неопрятный или простоватый человек, иногда ротозей. Слово экспрессивное, звукоподражательного склада, сродни «артачиться» или «ряхаться». Маловероятно, что фамилия восходит к крестильному имени: Арий, Ариан и Арон дали бы формы Арьев, Арианов или Аронов, но не Арюпин.

Суффикс -ин здесь работает по простой модели: «сын Арюпы», то есть принадлежность к отцу по прозвищу. Сословно носители, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми — именно в этой среде прозвища давали по характеру или внешности, без оглядки на благозвучие. Географически фамилия тяготеет к югу России: Воронежской, Тамбовской, Ростовской областям, а также к Сибири, куда её могли занести переселенцы. В дореволюционных метрических книгах Арюпины встречаются нечасто, что подтверждает редкость основы.

Отличие этой фамилии от массовых на -ов в том, что -ин здесь привязан к диалектной лексике, не зафиксированной в литературном языке. Если сравнивать с однокоренными, то можно вспомнить фамилию Арютин — она тоже редкая и, вероятно, из того же гнезда, но с другим суффиксом. В словарях Б. Унбегауна и В. Никонова подобные формы разбираются как примеры прозвищ от диалектных основ, хотя прямого упоминания «арюпы» там нет — это поле для самостоятельных изысканий.