Фамилия Арюпин — одна из тех, где корень затемнён, а первое, что приходит в голову, скорее всего, неверно. Она не связана с «ар» (как в арийском) или с «арбузом». Её основа — диалектное слово «арюпа», которое в рязанских и тамбовских говорах означало «разиня», «ротозей», «простофиля». Человек, получивший такое прозвище, вероятно, отличался рассеянностью или медлительностью. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Арюпин, то есть сын или потомок Арюпы.

Модель образования — типичная для русских фамилий от прозвищ на -а/-я. Такие фамилии (сравните: Гуляев от Гуляй, Косолапов от Косолап) часто закреплялись за крестьянами и посадскими людьми, в отличие от фамилий на -ов/-ев, которые могли носить и духовенство, и служилые. Географически фамилия Арюпин тяготеет к южнорусским областям, особенно к Рязанской губернии, где слово «арюпа» фиксируется в словарях местных говоров.

Есть и менее вероятная версия: от имени Арюпа, которое могло быть уменьшительной формой от Арсений или Арий. Но в русской антропонимике такие сокращения редки, и прозвищное происхождение выглядит убедительнее. Сравните с однокоренной фамилией Аряпин — она образована от «аряпа» (того же значения) и распространена в тех же регионах. По сути, Арюпин и Аряпин — варианты одного прозвища, различающиеся огласовкой, что не редкость в народной речи.

В документах фамилия встречается с XVII века. В переписных книгах Рязанского уезда 1678 года упоминаются крестьяне Афонка и Ивашка Арюпины. Это указывает на то, что фамилия сложилась ещё до петровских времен и принадлежала людям из податных сословий. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — в «Общем гербовнике» её нет.