Фамилия Ашарфудинова происходит от мужского имени Ашарфудин — диалектной формы восточного имени Ашарфетдин. В переводе с арабского оно означает «благородный слуга религии». Имя составное: первая часть восходит к арабскому «ашраф» (благородный, знатный), вторая — «дин» (вера, религия). Такие имена были распространены в среде мусульманского духовенства и знати, указывая на высокий статус или благочестие носителя.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ов-: к основе имени Ашарфудин прибавили -ов, а затем женский суффикс -а. Мужской вариант — Ашарфудинов. Это типичная для фамилий тюрко-татарского и кавказского происхождения схема: русский суффикс присоединяли к восточному имени, чтобы адаптировать фамилию к документам Российской империи. В XIX — начале XX века так оформляли фамилии многих крещёных или служилых татар, а также выходцев из мусульманских регионов, переходивших на государственную службу.

Само имя Ашарфетдин (и его вариант Ашарфудин) встречается реже, чем более распространённые Шарафетдин или Шарафутдин. Разница в огласовке — «а» вместо «е» или «у» — характерна для некоторых диалектов татарского или башкирского языка, а также для азербайджанской и дагестанской традиции. Поэтому географически фамилия Ашарфудиновы может быть связана с Волго-Уральским регионом, Северным Кавказом или Закавказьем.

Процесс закрепления фамилии в России был долгим: окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Ашарфудиновых можно лишь на основании генеалогических исследований. Однако ясно, что фамилия возникла не раньше середины XIX века, когда массово учреждались фамилии для мусульманских подданных империи. Судя по модели, предки носителя фамилии были либо служилыми людьми, либо уважаемыми религиозными деятелями — муллами или учителями медресе.