Фамилия Атаджонова — женская форма фамилии Атаджонов, распространённой в среде народов Центральной Азии и Кавказа. Её основа восходит к составному мужскому имени Атаджон, которое типично для таджикского, узбекского и отчасти азербайджанского именослова. Имя складывается из двух частей: «Ата» (от тюркского «отец», «предок», «старший») и «джон» (от персидского «душа», «жизнь», «дорогой»). В буквальном переводе Атаджон означает «дорогой, как отец» или «отец-душа» — это ласково-уважительное обращение, которое давали ребёнку в честь деда или как пожелание долгой и почётной жизни.

Фамилия образована по русской модели: к имени Атаджон добавили суффикс -ов (в женском варианте -ова), который в XIX–XX веках активно использовался при русификации фамилий народов Средней Азии. В отличие от исконно русских фамилий, где -ов/-ев указывает на принадлежность («чей?»), здесь суффикс выполняет чисто грамматическую функцию, превращая имя в наследственную фамилию. Это типичный случай для советского периода, когда многие местные жители получали паспорта с фамилиями, оформленными по русскому образцу.

Географически фамилия Атаджонова чаще всего встречается в Таджикистане, Узбекистане, а также среди диаспор в России — особенно в крупных городах, куда мигрировали выходцы из этих республик. Встречаются варианты написания с одной «н» (Атаджонова) и с двойной (Атаджоннова), но нормативным считается первый, так как основа имени заканчивается на «н», и при добавлении суффикса -ов удвоение не требуется.

С точки зрения социального контекста, предки носительницы фамилии, скорее всего, не были знатью или духовенством: имя Атаджон давали в среде ремесленников, земледельцев и торговцев, где ценились патриархальные устои. Фамилия не указывает на конкретное ремесло или сословие, а лишь фиксирует личное имя, которое когда-то носил основатель рода. В ономастических справочниках по тюркским и иранским фамилиям (например, в работах А. Суперанской) такие составные имена описываются как типичные для региона, но отдельной статьи об Атаджоновой нет — это редкая фамилия даже на фоне похожих (Атаев, Джонов).