Фамилия Атможитов — редкий случай, когда географический ключ к разгадке лежит почти на поверхности, но требует лингвистической оговорки. Её основа со всей очевидностью указывает на топоним Атмос или Атмас, а вот где именно искать это место — вопрос. В России есть несколько топонимов с корнем «атмас»: река Атмас в Черноземье, село Атмас в Рязанской области. Однако в фамилии Атможитов зафиксировано написание через «ж», что характерно для казахского и башкирского произношения слова «атмос» (атмосфера) в заимствованной форме. Скорее всего, фамилия образована от прозвища Атможит — так могли назвать человека, имевшего отношение к атмосферным явлениям (метеоролога, наблюдателя за погодой) или, в более узком смысле, к работе с воздушными шарами и аэростатами в XIX — начале XX века.

Словообразовательная модель здесь проста: к основе Атможит добавлен русский патронимический суффикс -ов, что даёт буквальное значение «сын Атможита». Суффикс -ит в прозвище указывает на лицо по профессии или характерному признаку (ср. шофёр — шоферит, химик — химит). Таким образом, Атможитов — это «потомок того, кто занимался атмосферой». Версия о происхождении от мусульманского имени Атмаш или Атмас (тюркское «атмас» — «не стреляющий», «мирный») маловероятна, так как не объясняет вставки «ж» и суффикса -ит.

Фамилия встречается крайне редко, преимущественно в Татарстане и Башкортостане, что подтверждает её связь с местными диалектами. В дореволюционных метрических книгах XVIII–XIX веков она не фиксируется, что говорит о позднем оформлении — скорее всего, в конце XIX века, когда фамилии активно присваивали крестьянам и мещанам по их занятиям или прозвищам. Носители фамилии могли быть выходцами из среды сельской интеллигенции или людей, связанных с наблюдением за природой. Других вариантов написания (Атмажитов, Атмосов) не зафиксировано, что делает Атможитов уникальным ономастическим артефактом.