Фамилия Атоня — случай, где география бытования говорит едва ли не больше, чем морфология. По окончанию на -я это типичная украинская или белорусская модель: такие формы часто передают ласкательный или уменьшительный оттенок. Основа «Атон» почти наверняка восходит к каноническому имени Антон (от латинского Antonius). В диалектной речи произошла утрата начального «н» — «Атон» вместо «Антон» — явление знакомое и естественное. Соответственно, Атоня — это «маленький Антон» или просто обиходная форма имени, которая закрепилась за детьми как фамилия.

Но есть и вторая версия, не менее вероятная. Фамилия могла возникнуть в среде армянских переселенцев, где имя Атон (или Атоня) встречается как самостоятельное. В армянской традиции оно связано с понятием «мужество» или «сила духа», а суффикс -я указывает на принадлежность к роду. В таком случае фамилия не переосмыслялась через славянскую модель, а пришла в русский язык уже готовой, лишь сменив ударение или написание.

География подтверждает обе версии. Фамилия Атоня встречается в основном на юге России и в Краснодарском крае — зоне активного контакта украинских переселенцев (кубанские казаки) и армянской диаспоры Причерноморья. В центральных областях России она практически не фиксируется. Социальный контекст типичен для фамилий на -я: в XIX веке такие формы редко встречались у дворян или купцов, а бытовали в крестьянской и казачьей среде. Предок носителя фамилии, скорее всего, был простым человеком, которого в быту звали уменьшительно — Атоня, и это прозвище закрепилось за его детьми как фамилия.