Фамилия Атоня — редкий случай, когда географическая привязка оказывается важнее морфологического разбора. Если судить по окончанию, перед нами типичная украинская или белорусская фамилия, образованная от личного имени или прозвища с помощью суффикса -я. В украинской ономастике такие формы часто передают ласкательный или уменьшительный оттенок, хотя не всегда. Основа «Атон» почти наверняка восходит к каноническому имени Антон (от латинского Antonius), где произошла утрата начального «н» — явление, знакомое диалектной речи: «Атон» вместо «Антон». Соответственно, Атоня — это «маленький Антон» или просто обиходная форма имени.

Однако есть и вторая версия, не менее вероятная. Фамилия могла возникнуть в среде армянских переселенцев, где имя Атон (или Атоня) встречается как самостоятельное. В армянской традиции оно связано с понятием «мужество» или «сила духа», а суффикс -я указывает на принадлежность к роду. В таком случае фамилия не переосмыслялась через славянскую модель, а пришла в русский язык уже готовой, лишь сменив ударение или написание.

С точки зрения географии, фамилия Атоня встречается в основном на юге России и в Краснодарском крае, что косвенно подтверждает обе версии: и украинскую (через переселенцев с Кубани), и армянскую (через диаспору Причерноморья). В центральных областях России она практически не фиксируется.

Социальный контекст здесь типичен для фамилий на -я: в XIX веке такие формы редко встречались у дворян или купцов, а бытовали в крестьянской и казачьей среде. Предок носителя фамилии Атоня, скорее всего, был простым человеком, которого в быту звали уменьшительно — Атоня, и это прозвище закрепилось за его детьми уже как фамилия.