Фамилия Атюнины — один из тех случаев, когда написание фамилии говорит о говоре предков не меньше, чем её корень. Скорее всего, это фонетический вариант фамилии Отюнины, который закрепился на письме под влиянием «акающих» говоров: там, где в безударной позиции произносили «а» вместо «о», со временем так и записали.

Главная зацепка для этимолога — не суффикс, а основа. Фамилия, по всей видимости, происходит не от имени или профессии, а от названия места, откуда был родом основатель рода. Речь о поселении Отюнь (сейчас территория Ленинградской области, недалеко от Павловска). Само это название, скорее всего, финно-угорское. В нём видят либо корень со значением «широкий», либо «ота» — «роща». Если так, то первый Атюнин (или Отюнин) был просто «тем, кто из Отюни» — типичная модель для прозвищ, которые потом стали фамилиями.

Модель образования здесь простая: географическое название Отюнь → прозвище Отюня (по местности) → притяжательный суффикс -ин («чей?» — сын Отюни) → фамилия Отюнин. А уже в бытовой речи, из-за аканья, она превратилась в Атюнин.

Точное время возникновения фамилии назвать сложно — процесс шёл столетиями, и в письменных источниках она могла фиксироваться с опозданием. Но сама по себе фамилия Атюнины — не просто родовое имя, а памятник сразу двум явлениям: финно-угорскому следу на карте Ленинградской области и живой русской фонетике, которая перекроила первоначальное написание.