Фамилия Ауганов — тюркская по происхождению, и её основа — личное имя Ауган. За этим именем стоит как минимум две версии. Первая возводит его к древнетюркскому слову «оуган», что значило «бог». Вторая версия связывает имя с другим древнетюркским словом — «ауган», то есть «скрывающийся». Какая из них точнее, сказать трудно: оба корня могли бытовать в разных тюркских диалектах. Ясно одно: фамилию получил потомок человека по имени Ауган, и русский суффикс -ов оформил её по модели русских отчеств, закрепив за целым родом.

Обратите внимание: фамилия не содержит типичного для многих тюркских фамилий компонента -оглы («сын»). Вместо этого использован славянский патронимический суффикс. Это распространённая практика у тюркских народов, оказавшихся в XIX–XX веках в составе Российской империи: при записи в официальные документы исконное имя отца получало русское окончание.

По фамилии Ауганов есть реальные сведения из Памятных книг. В Книге памяти Омской области зафиксированы Жусуп Ауганов, 1920 года рождения, из аула Сигизбай Азовского района, и Зайныш Ауганов, 1900 года рождения, из аула Дюсембай Шербакульского района. Оба — уроженцы юга Западной Сибири, где с XIX века селились казахи и другие тюркские народы. Эти записи говорят о том, что носители фамилии были крестьянами или скотоводами, а сама фамилия бытовала в казахской среде. Фамилия редкая: её нет в массовых списках русских дворянских или купеческих родов, а её носители — это в основном выходцы из степных аулов.