Фамилия Ауганбаев — яркий пример фамилий, образованных по тюркской модели: основа + аффикс принадлежности -баев. В переводе с казахского и ряда других тюркских языков «бай» означает «богач», «хозяин», «господин». В составе фамилий этот компонент указывал на достаток, знатность или просто служил пожеланием благополучия. Таким образом, Ауганбаев — буквально «сын (или потомок) Аугана-бая».

Корень «Ауган» — это личное имя. Его происхождение неочевидно и допускает две основные версии. Первая: имя восходит к арабскому «ауран» (عوران) со значением «слепой» или «одноглазый». Такие имена-обереги давали в прошлом, чтобы отвести от ребёнка сглаз и злые силы — считалось, что неказистое имя сделает его незаметным для духов. Вторая версия связывает Аугана с тюркским глаголом «ау» — «падать», «снисходить»; в таком случае имя могло означать «снизошедший», «посланный свыше» и нести сакральный смысл. Обе гипотезы равновероятны, но первая (обережная) встречается в ономастике чаще.

Географически фамилия Ауганбаев тяготеет к Казахстану и прилегающим регионам Средней Азии. В России она встречается редко, преимущественно среди потомков переселенцев из Казахстана. Социально носители фамилии, скорее всего, происходят из среды кочевников-скотоводов, где родовые имена с компонентом «бай» подчёркивали статус главы рода или зажиточного хозяина.

Словообразовательная модель типична для казахского и киргизского антропонимикона: личное имя (Ауган) + патронимический суффикс -баев. В русской передаче фамилия закрепилась с окончанием -ев, что характерно для русифицированных форм тюркских фамилий. Близкие по структуре фамилии — Аубакиров, Ауезов, Аухадиев — все они строятся по тому же принципу «имя + бай», но с разными корнями.

Фамилия не относится к числу широко известных, поэтому сведений о конкретных исторических носителях в открытых источниках почти нет. Это редкий случай, когда этимология прозрачна, а вот точное значение исходного имени остаётся предметом лингвистической дискуссии.