Фамилия Ауганбаев построена по типичной для тюркских народов модели: к личному имени добавляется компонент «бай». В переводе с казахского и родственных языков «бай» означает «богач», «хозяин», «господин». В составе фамилий этот элемент указывал на достаток, знатность или служил пожеланием благополучия. Поэтому Ауганбаев — буквально «сын (или потомок) Аугана-бая».

Сложность возникает с корнем «Ауган». Это личное имя, и у него есть две основные версии происхождения. Первая связывает его с арабским «ауран» (عوران) — «слепой» или «одноглазый». В прошлом такие имена-обереги давали, чтобы отвести от ребёнка сглаз: считалось, что неказистое имя сделает его незаметным для злых духов. Вторая версия выводит Аугана из тюркского глагола «ау» — «падать», «снисходить». Тогда имя могло означать «снизошедший», «посланный свыше» и нести сакральный смысл. Обе гипотезы равновероятны, хотя обережная практика встречается в ономастике чаще.

Географически фамилия тяготеет к Казахстану и прилегающим регионам Средней Азии. В России она редка и встречается преимущественно у потомков переселенцев из Казахстана. Социально носители фамилии, скорее всего, происходят из среды кочевников-скотоводов, где родовые имена с компонентом «бай» подчёркивали статус главы рода или зажиточного хозяина.

Словообразовательная модель типична для казахского и киргизского антропонимикона: личное имя (Ауган) + патронимический суффикс -баев. В русской передаче фамилия закрепилась с окончанием -ев, что характерно для русифицированных форм тюркских фамилий. Близкие по структуре фамилии — Аубакиров, Ауезов, Аухадиев — строятся по тому же принципу «имя + бай», но с разными корнями.

Фамилия не относится к числу широко известных, поэтому сведений о конкретных исторических носителях в открытых источниках почти нет. Это редкий случай, когда этимология прозрачна, а вот точное значение исходного имени остаётся предметом лингвистической дискуссии.