Фамилия Авдокунин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Ключ к разгадке — суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей сын?» или «чей работник?». Если фамилия оканчивается на -ин, значит, в её основе лежит слово на -а или -я. В нашем случае основа — Авдокуня.

Само имя Авдокуня — не каноническое церковное, а народная, разговорная форма. Оно происходит от крестильного имени Авдоким (церковное Евдоким, в переводе с греческого — «доброй славы»). В русских говорах Евдоким часто «окали» и превращали в Авдоким, а затем с помощью уменьшительно-ласкательного суффикса -ун(я) получалось Авдокуня. Так в быту называли человека по имени Авдоким, особенно в северных и центральных областях России, где «аканье» было нормой.

Таким образом, фамилия Авдокунин буквально означает «сын Авдокуни» или «потомок Авдокуни». Предок носителя этой фамилии, скорее всего, был простым человеком — крестьянином или ремесленником, которого в своей среде знали по этому домашнему имени. Фамилия закрепилась в тех местах, где имя Авдоким было распространено, например, в бывших Новгородских и Вологодских землях.

По той же модели образованы фамилии от других производных этого имени: Авдокимов (от полной формы), Авдокин, Авдонин. Но Авдокунин выделяется редким суффиксом -ун-, который придаёт основе оттенок ласкательности или, в некоторых говорах, прозвищности. Встречаются и варианты написания через «о» — Овдокунин, что тоже отражает диалектное произношение.