Фамилия Авдокушин образована от разговорной формы крестильного имени. В основе лежит имя Авдокуша — одна из многочисленных обиходных версий, которые в русской традиции возникали от полных церковных имён. Чаще всего Авдокушу связывают с именем Авдий (древнееврейское, означает «служащий Богу»). Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от имени Авдоким (церковная форма Евдоким, греческое «славный»). Обе гипотезы имеют право на существование, но первая выглядит убедительнее: от короткого библейского Авдий народная речь легко породила форму Авдокуша, тогда как от трёхсложного Евдоким чаще образовывали варианты вроде Докима или Кима.

Модель фамилии простая: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Авдокуши). Такие фамилии типичны для северорусских и центральных областей, где -ин закрепился как основной патронимический суффикс. Социальный контекст: носители имени Авдокуша в документах XVI–XVII веков встречаются преимущественно среди крестьян и посадских людей, поэтому основатель рода Авдокушиных, скорее всего, был выходцем из рабочей или крестьянской среды.

Фамилия редкая, её географическое ядро не выражено ярко, но по косвенным данным — рассеяна по центральной России и Поволжью. Однокоренные варианты (Авдокушев, Авдокимов) встречаются чаще, что подтверждает: форма Авдокуша не получила массового распространения, а осталась локальным прозвищным именем.