Фамилия Авдакушин — яркий пример того, как редкая форма имени может закрепиться в фамильном прозвище. В её основе лежит каноническое имя Авдакий (в церковной традиции — Авдакий, Авдакт, от лат. audax — «смелый, отважный»). Но не прямо, а через уменьшительно-ласкательный вариант Авдакуша. Суффикс -уша в русской антропонимии типичен для домашних, обиходных форм имён (Иван — Ванюша, Григорий — Гришуша, Макар — Макаруша). Так Авдакий превратился в Авдакушу — «маленького Авдакия», «сына Авдакия». Фамилия, таким образом, означает «потомок Авдакуши».

Модель образования — притяжательное прилагательное с суффиксом -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность к конкретному лицу: чей сын? — Авдакушин. Это характерно для северных и центральных регионов России, где фамилии на -ин (от основ на -а, -я) доминировали над фамилиями на -ов. Встречается и вариант с суффиксом -ов — Авдакушов, но он значительно реже и может быть связан с позднейшим смешением суффиксов или с местным произношением.

Само имя Авдакий в святцах редкое. Известен мученик Авдакий (Авдакт) IV века, персидский вельможа, казнённый за отказ отречься от христианства. В народной среде это имя не прижилось широко, поэтому фамилия Авдакушин остаётся малочисленной. Её носители — потомки, скорее всего, выходцев из духовного сословия или крестьян тех уездов, где имя Авдакий изредка давали по святцам. Географически фамилия тяготеет к Поволжью и южнорусским областям, где встречаются однокоренные фамилии вроде Авдаков или Авдакин.

В написании возможна путаница с фамилией Авдакушкин, образованной от формы Авдакушка (с суффиксом -к-, также уменьшительным). Разница в суффиксе: -уш- указывает на более «ласковую» или младшую форму, тогда как -ушк- — на ещё более уменьшительную. Но обе фамилии восходят к одному корню.