Фамилия Авдакова — женская форма фамилии Авдаков. В её основе лежит мужское имя Авдак, которое в русской традиции является просторечной формой от канонического имени Авдей. Авдей, в свою очередь, происходит от древнееврейского Овадья — «слуга Бога». Такое сокращение с суффиксом -ак (-як) типично для разговорной речи Древней Руси: подобным образом от имени Иван появились Иванюк и Иванак, от Степан — Степанак.

Словообразовательная модель здесь простая и распространённая. Суффикс -к- указывает на ласкательную или уменьшительную форму имени, а окончание -а — на женский род. Мужской вариант Авдаков построен по притяжательной модели «чей?»: Авдаков буквально означало «сын Авдака» или «человек из рода Авдака».

В географическом плане фамилия Авдаков встречается преимущественно в южнорусских и украинских землях, а также в Поволжье. Это объясняется тем, что имя Авдей в народных формах было особенно популярно среди крестьянства и казачества. В некоторых говорах фамилия могла закрепиться и от прозвища Авдак — так могли называть человека медлительного или смирного, что перекликается с библейской этимологией имени.

С точки зрения сословной принадлежности, Авдаковы — типичная крестьянская фамилия. В ревизских сказках и переписных книгах XVIII–XIX веков такие фамилии часто фиксировались без окончания -ов, просто как Авдак, а окончательное оформление получили уже после отмены крепостного права, при массовой паспортизации. Это делает фамилию Авдакова не древней дворянской, а поздней крестьянской, что, впрочем, не умаляет её исторической ценности: она сохранила живую народную форму библейского имени.