Фамилия Авота ведет начало от латышского слова avota — «ключевой, родниковый». Скорее всего, прозвище или фамилию дали человеку, который жил у родника или ключа: в балтийской топонимике такие названия встречаются часто, и указание на источник воды было практичным способом обозначить место. Но у слова есть и переносный смысл: родник ассоциировался с чистотой, прозрачностью, поэтому Авотой могли прозвать человека с открытым, добрым нравом, легкого в общении, честного и миловидного. Так что фамилия могла возникнуть и как характеристика внешности или характера.

Фамилия оформлена по латышской модели — без типичных русских суффиксов -ов, -ин, -ский. Это указывает, что носитель или его предки, скорее всего, были латышами или выходцами из балтийского региона. В русской среде такая фамилия — редкость, и её форма не менялась при адаптации: окончание -а сохранилось как в исходном слове. Географически фамилия Авота почти не встречается за пределами Латвии и смежных областей, что подтверждает её локальное происхождение.

Других версий, кроме балтийского корня, у этой фамилии нет: славянские или иные основы здесь не прослеживаются. Если вам попадались однокоренные фамилии вроде Авот или Авотс — это варианты того же слова, различающиеся только окончанием по падежу.