Фамилия Автонагов — редкий случай, когда на слух она кажется иноязычной, а на поверку оказывается исконно русской, но с неочевидной основой. В ней нет ничего от греческого «авто» или тюркского «наг»; её корень лежит в диалектной лексике северных и центральных областей России. Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), а основа — Автонаг. Это не каноническое имя, а прозвище или, что вероятнее, искажённое крестильное имя.

В русских говорах слово «автоном» или «автонаг» могло быть народной переделкой греческого имени Автоном (Αὐτόνομος — «самозаконный, независимый»). В просторечии имя Автоном нередко сокращали до Автоня, Автоха, а в некоторых местностях — до Автонаг. Суффикс -аг (-яг) в русской антропонимии встречается как экспрессивный: сравните «бродяга», «растяпа», «бедняга». Таким образом, Автонаг — это сначала обиходная форма имени Автоном, а затем она закрепилась как фамильное прозвище. Именно эта версия — основная: фамилия родилась не в канцелярии, а в живой речи, где полное имя сократили до узнаваемого, но неканонического варианта.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с диалектным глаголом «автонить» (в рязанских и тамбовских говорах — «медлить, канителиться»). Тогда Автонаг мог получить человек медлительный или нудный. Однако эта гипотеза слаба: глагол редок, а фамилии на -аг от глагольных основ почти не образуются. К тому же в говорах глагол зафиксирован лишь точечно, и нет примеров, чтобы он дал устойчивое прозвище.

Географически фамилия Автонагов тяготеет к Поволжью и югу России — единичные записи встречаются в архивах Саратовской, Самарской и Воронежской губерний. Сословно это почти наверняка крестьянская фамилия: в дворянских родословных книгах она не отмечена, а у духовенства такие формы не приживались. Крестьяне, получившие фамилию после отмены крепостного права, часто записывали то, как их звали в быту, — отсюда и «Автонаг» вместо официального «Автоном».

Сравнение с однокоренными фамилиями — Автономов, Автонычев, Автонягин — показывает, что Автонагов стоит особняком. Если Автономов образован прямо от полного имени, то Автонагов — от его диалектного «усечения», что сразу выдает местное происхождение носителя. Это редкий случай, когда фамилия сохранила не книжную, а живую народную фонетику XIX века. По сути, она — звуковой слепок того, как в конкретной деревне переделали греческое имя на свой лад.