Фамилия Автонова образована от имени Автон, краткой формы крестильного мужского имени Автоном. Оно, в свою очередь, имеет греческое происхождение и в переводе означает «самостоятельный», «живущий по своим законам». Покровителем этого имени считается священномученик Автоном, епископ Италийский. Известно, что во время гонения императора Диоклетиана он удалился в Вифинию. Память Автонома совершается Православной церковью 12 (25) сентября. Скорее всего, основатель рода Автоновых был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Автон, со временем получил фамилию Автонова.