Фамилия Автономов образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Автономов послужило церковное имя Автоном. Фамилия Автономов ведет свое начало от редкого крестильного мужского имени Автоном, которое в переводе в греческого означает «самостоятельный» (буквальный перевод «сам себе закон»). Таким образом, потомок человека, обладающего именем Автоном, со временем получил фамилию Автономов. Среди наиболее известных однофамильцев — вологодские иконописцы Автономовы (XVII в.), сыновья и ученики Аггея Максимова Автономова, иконописца, работавшего в Москве до 1660: Григорий и Гурий, работали в Архангельском соборе. О точном месте и времени возникновения фамилии Автономов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Автономов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.