Фамилия Автономов образована от редкого крестильного имени Автоном. В переводе с греческого оно означает «самостоятельный», а буквально — «сам себе закон». Такое имя давали в честь святого Автонома, епископа Италийского, почитаемого православной церковью. Таким образом, фамилия прямо указывает на предка по мужской линии, которого звали Автоном.

Модель образования здесь классическая: к основе имени прибавили патронимический суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?» — сын Автонома). Суффикс -ов — самый распространённый в русских фамилиях, и в данном случае он не несёт дополнительной смысловой или сословной нагрузки, а просто фиксирует родство.

Стоит обратить внимание на редкость исходного имени. В святцах оно присутствует, но в народном обиходе встречалось нечасто, поэтому и фамилия Автономов не относится к массовым. Это делает её своеобразным маркером: если вы носите эту фамилию, велика вероятность, что ваши предки происходят из регионов, где имя Автоном было в ходу, например, из северных или центральных областей России.

Среди ранних известных носителей — вологодские иконописцы Автономовы, работавшие в XVII веке. Григорий и Гурий Автономовы были сыновьями и учениками Аггея Максимова Автономова — иконописца, который трудился в Москве до 1660 года. Они участвовали в росписи Архангельского собора Московского Кремля, что говорит о высоком уровне мастерства. Эта деталь подтверждает, что фамилия бытовала в среде профессиональных ремесленников и художников, а не только среди крестьян или духовенства.

Если рассматривать словообразовательную модель в более широком контексте, то фамилия Автономов стоит в одном ряду с такими же редкими патронимами от греческих имён: Агафонов, Анемподистов, Каллистратов. Все они образованы по одному принципу, но исходное имя Автоном выделяется своим смысловым оттенком — «сам себе закон», что могло восприниматься и как характеристика характера человека.