Фамилия Автонов образована от имени Автон, краткой формы крестильного мужского имени Автоном. Оно, в свою очередь, имеет греческое происхождение и в переводе означает «самостоятельный», «живущий по своим законам». Покровителем этого имени считается священномученик Автоном, епископ Италийский. Известно, что во время гонения императора Диоклетиана он удалился в Вифинию. Память Автонома совершается Православной церковью 12 (25) сентября. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Автон, со временем получил фамилию Автонов.