Фамилия Автонеева — женская форма, а её мужской вариант — Автонеев. Фамилия редкая, и её происхождение не лежит на поверхности, что как раз и делает её интересной для разбора. Первое, что бросается в глаза, — необычное сочетание корня и суффикса.

Словообразовательная модель указывает на суффикс -ев, который в русских фамилиях чаще всего присоединялся к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или на -й. В данном случае основа — «Автоне-». Если отбросить суффикс, остаётся корень «Автон-». Это даёт нам ключ: перед нами, скорее всего, вариант имени или прозвища.

Наиболее правдоподобная версия — связь с крестильным именем Антон. В народной речи имя Антон, а также его производные (Антоня, Антоха, Антоша) могли подвергаться переделке. Форма «Автон» — это диалектное или просторечное переосмысление, где начальное «Ан-» перешло в «Ав-». Такое явление встречается в русских говорах, особенно в южнорусских и украинских, где звук «н» перед гласным мог озвончаться или заменяться. Таким образом, Автоней — это человек по имени Автон, то есть, по сути, Антон. Фамилия Автонеев образована от отчества: «чей сын?» — Автонеев.

Менее вероятна, но возможна версия от греческого слова «аутос» (сам) или от названия ремесла, но для этого нет надёжных исторических параллелей. Сама фамилия Автонеева (и Автонеев) почти не встречается в центральных губерниях России, что указывает на локальное бытование — вероятно, на юге или в Поволжье, где подобные фонетические сдвиги были обычны.

В итоге, предок носителей этой фамилии был просто человеком по имени Автон (Антон), а фамилия закрепилась за его потомками в какой-то конкретной местности, сохранив редкий диалектный след.