Фамилия Автонычева — редкий случай, когда женская форма встречается в документах чаще мужской (Автонычев). Это сразу подсказывает модель образования: от мужского прозвища или имени с суффиксом принадлежности -ев. Основа оканчивается на твёрдый согласный, поэтому суффикс именно -ев, а не -ин.

Корень «Автон-» явно не славянский. Самое вероятное объяснение: искажённое греческое имя Автоном (Αὐτόνομος). В святцах есть святой Автоном, епископ Италийский, чьё имя означает «сам себе закон», то есть «независимый». В русских говорах греческие имена нередко упрощали: Автоном легко превращался в Автон, а уменьшительные формы — Автоня, Автоныч — давали основу для фамилии. Тогда Автонычев — буквально «сын Автоныча», то есть потомок человека по имени Автон (из Автонома). Это типичный путь: фамилии от канонических имён с отпадением конечного слога — не редкость (ср. Михеев от Михей, Агеев от Агей).

Менее вероятная версия — связь с диалектным словом «автоня» (в некоторых говорах так называли упрямого или своенравного человека). Если прозвище Автоня закрепилось за человеком с характером, фамилия могла возникнуть и без связи с крестильным именем. Однако греческое происхождение надёжнее: оно подтверждается существованием однокоренного варианта Автономов, который разошёлся по другим ветвям, но корень остался тот же.

Географически фамилия привязана к центральным и южным областям России, где сильны традиции крестьянских фамилий на -ев. Встречаемость крайне низкая, что говорит о локальном происхождении: родоначальник, скорее всего, жил в одном селе или деревне, и фамилия не разошлась широко. Сословно — почти наверняка крестьяне или однодворцы: дворянские роды с таким корнем неизвестны.

Интересная деталь: фамилия сохранила архаичную форму отчества (Автоныч), а не сразу перешла в притяжательное прилагательное от имени Автон. Это значит, что прозвище или имя отца было настолько устойчивым, что его отчество стало фамилией для следующего поколения. Если вы носите фамилию Автонычева, ваш предок почти наверняка был крестьянином из центральной России, а его имя или прозвище восходит к греческому «независимому» — через цепочку народных упрощений.