Фамилия Автоношкин — одна из тех редких русских фамилий, где за необычным звучанием скрывается простая, но неочевидная история. Первая часть «Авто-» может ввести в заблуждение и натолкнуть на мысль о греческих «авто» или латинских корнях, но на самом деле перед нами типичный пример народной переработки церковного имени. Основа фамилии — крестильное мужское имя Автоном греческого происхождения (autonomos — «самозаконный», «независимый»). В святцах оно встречается именно в форме Автоном, а в просторечии часто редуцировалось и видоизменялось: Автоном превращался в Автоношку, Автоноса, Автоню.

Суффикс «-к-» в форме Автоношка — уменьшительно-ласкательный, бытовой, как Ивашка или Петрушка. А суффикс «-ин» в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Автоношкин, то есть сын Автоношки. Фамилия образована по самой распространённой в русском языке модели: от обиходной формы имени через суффикс принадлежности. Полное имя Автоном в русской среде было нечастым, а его уменьшительные варианты и вовсе редки, поэтому Автоношкин — штучная, локальная фамилия.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным регионам России, где имя Автоном фиксировалось в писцовых книгах XVI–XVII веков. Например, в переписях Новгородской и Вологодской земель встречаются крестьяне Автономы, а их потомки уже в XIX веке записывались как Автономовы, реже — как Автоношкины. Встречается и вариант написания с одной «о» — Автоношкин, но это следствие акающего произношения.

Если искать однокоренные фамилии, то ближайшие — Автономов (от полной формы имени) и Автонышев (от другой уменьшительной формы). Автоношкин стоит особняком: он сохранил именно ту ласкательную форму, которая в быту звучала тепло и фамильярно, но в официальных документах закрепилась редко. Носитель этой фамилии, скорее всего, происходит из крестьянской или мещанской среды, где имя Автоном было в ходу, но не настолько, чтобы образовать массовую фамилию.