Фамилия Айбадуллин — характерный пример того, как русский язык адаптировал тюркскую составную антропонимическую модель. В основе лежит арабское имя Айбадулла (вариант — Айбатулла), которое состоит из двух корней: «айб» (араб. عيب — «недостаток», «изъян») и «Алла» (араб. الله — «Бог»). В буквальном переводе это означает «недостаток Аллаха» — парадоксальное на первый взгляд имя-оберег. В исламской традиции такие имена давали, чтобы уберечь ребёнка от сглаза или зависти: считалось, что «ущербное» имя сделает его незаметным для злых сил. Более распространённая форма того же корня — Айбатов, где суффикс -ов указывает на прямое отчество, а в фамилии Айбадуллин использован сложный суффикс -ин, который в тюркских фамилиях на русской почве часто замещает арабский определённый артикль или показатель принадлежности.

Словообразовательный разбор показывает, что фамилия прошла двойную обработку. Исходное арабское имя Айбадулла (или Айбатулла) в тюркской среде получило притяжательный аффикс -ин, характерный для русских фамилий от имён на -а/-я (сравните: Ильин, Никитин). Таким образом, Айбадуллин буквально означает «сын Айбадуллы» или «принадлежащий Айбадулле». Важно не путать эту фамилию с более частыми Абдуллин (от «Абдулла» — «раб Аллаха») или Айбатов — несмотря на схожее звучание, корни разные: в Айбадуллине присутствует семантика «изъяна», а не «рабства».

Географически фамилия тяготеет к регионам Поволжья и Приуралья, особенно к Татарстану и Башкортостану. Встречается она и у башкир, и у татар, причём у башкир может писаться как Айбатуллин или Айбатуллина (с сохранением тюркского произношения). В дореволюционных метрических книгах Казанской и Уфимской губерний фиксируются варианты Айбадуллинъ и Айбатуллинъ — это указывает на то, что фамилия не была строго нормирована и записывалась на слух.

Редкость фамилии объясняется тем, что исходное имя Айбадулла не получило широкого распространения даже в мусульманской среде — оно считалось архаичным и книжным. В отличие от «положительных» имён (Абдулла, Ахмадулла), имя с корнем «айб» всегда было маргинальным, что и отразилось на частоте фамилии. Носители Айбадуллина — потомки тех, кто либо жил в отдалённых аулах, где сохранялись старые традиции имянаречения, либо происходил из семей, где это имя дали как оберег после смерти предыдущих детей.