Фамилия Айбатулин — редкий случай, когда географический и этнический след просматривается почти безошибочно. Её основа — тюркское мужское имя Айбатулла. Оно составное: «ай» (луна, месяц) и «батулла» — арабская форма «батулла» (дева, чистая, непорочная), один из эпитетов Фатимы, дочери пророка Мухаммеда. В тюркском именослове Айбатулла осмыслялось как «луноподобная чистота» или «светлая, как луна, непорочная». Имя давали сыновьям, желая им чистоты и благословения.

Суффикс -ин указывает на русскую модель образования фамилий от основ на -а, -я. Фамилия Айбатулин буквально значит «сын Айбатуллы», «потомок Айбатуллы». Форма с -ин, а не с -ов, здесь закономерна: имя оканчивается на гласный звук, и русский патронимический суффикс прибавляется именно такой.

Скорее всего, фамилия закрепилась у татар или башкир, возможно, у казахов. В Поволжье и Приуралье фамилии на -ин от имён на -улла (Абдуллин, Ахмадуллин, Гайнуллин) — обычное дело. Айбатулин — более редкий вариант той же модели. Встречается она преимущественно в Татарстане, Башкортостане и Оренбургской области, где имена с компонентом «ай» традиционно популярны.

Других версий происхождения, заслуживающих внимания, нет. Основа прозрачна, искать в ней славянский или финно-угорский корень не приходится. Фамилия — прямой патроним от имени, которое давали ребёнку с пожеланием светлой чистоты.