Фамилия Айбатова происходит от тюркского мужского имени Айбат. В основе лежит арабское слово, которое перешло во многие восточные языки, и означает оно «уважение», «достоинство», «авторитет» или «престиж». Называя сына Айбатом, родители желали ему стать знатным, почитаемым человеком, которого все уважают.

По своему происхождению это типичная патронимическая фамилия. Русский суффикс -ов присоединился к имени отца, образовав притяжательное прилагательное: «чей сын?» — Айбатов. Такая модель характерна для фамилий, которые складывались в среде крестьян и мещан в XIX веке, когда фамилии массово закреплялись за целыми семьями.

Встречается фамилия в основном в регионах с тюркским населением — в Татарстане, Башкортостане, а также среди казахов и народов Кавказа. В русских документах она фиксируется с XIX века, когда у нерусских народов начали массово появляться фамилии по русскому образцу.

Интересно, что имя Айбат могло быть не только личным, но и прозвищным — так могли назвать человека за его степенное поведение или высокое положение в общине. В отличие от многих восточных имен, оно не содержит тюркского компонента «ай» (луна), а целиком восходит к арабской лексике.