Фамилия Абатулин — классический пример того, как русская фамилия образуется от восточного имени с помощью стандартного суффикса принадлежности. Основа здесь — мужское имя Абатула, а суффикс -ин указывает на прямое родство: «чей?» — Абатулин, то есть сын, потомок Абатулы.

Имя Абатула составное и двуязычное. Первая часть, Абат, восходит к персидскому языку и означает «цветущий, благоустроенный». Вторая часть, -улла, вызывает споры среди ономастов. Самое вероятное объяснение — это искажённая или стяжённая форма арабского «Аллах» (Бог). В таком случае имя Абатула осмысляется как «находящийся под покровительством Аллаха» — типичная для исламского мира теофорная модель (ср. Абдулла, Убайдулла). Менее распространённое толкование возводит -улла к тюркскому «ул» (сын), что даёт перевод «сын Абата». Первая версия выглядит убедительнее: имя Абатула встречается именно в среде, где арабский язык был языком религии, а персидский — культуры.

Родители, называя сына Абатулой, вкладывали в имя пожелание, чтобы он сохранял молодость и здоровье («цветущий») и находился под защитой высших сил. Со временем это личное имя закрепилось как фамильное прозвище и, после крещения или перехода в русскую культурную среду, оформилось в фамилию на -ин.

Географически фамилия Абатулин тяготеет к регионам, где исторически смешивались тюркское, мусульманское и русское население: Поволжье, Урал, Западная Сибирь. Встречаются варианты написания Абатуллин (с двойным «л» — более точная передача арабского корня) и Обатулин, что связано с акающим произношением в южнорусских говорах.