Фамилия Айдаркулова — это женская форма фамилии Айдаркулов. В основе лежит тюркское составное мужское имя Айдаркул, где первая часть «айдар» восходит к тюркскому «айдар» — «чуб», «вихор», «хохол» (так называли мальчика, которому оставляли прядь волос на темени, чтобы он рос здоровым и сильным). Вторая часть «кул» — «раб» (в переносном смысле «раб Божий», «слуга Всевышнего»). Имя Айдаркул было популярно у многих тюркских народов, особенно у казахов, киргизов, башкир и татар.

Фамилия образована по русской патронимической модели: к основе Айдаркул добавили суффикс -ов (в женском роде — -ова). Это говорит о том, что предок носителя фамилии (по отцовской линии) носил имя Айдаркул. Судя по географии, фамилия Айдаркулова встречается в основном в Казахстане, Киргизии и в регионах России с тюркским населением — в Оренбургской, Челябинской областях, в Башкортостане и Татарстане.

В ономастике эта фамилия интересна тем, что имя-основа не утратила прозрачной внутренней формы: любой носитель тюркского языка легко поймёт, что «айдар» — это не «лев» или «луна», а именно «чуб» или «хохол». Это редкий случай, когда прозвищное значение (внешний признак) и религиозный компонент (кул — «раб Божий») совмещены в одном антропониме. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Айдаркулов стоит в одном ряду с Айдаровым (от имени Айдар) и Куловым (от имени Кул), но двусоставная основа встречается реже.

Сословная принадлежность предков по фамилии не определяется: Айдаркуловыми могли быть и крестьяне, и казахи-скотоводы, и мелкие служилые люди. В дореволюционных метрических книгах эта фамилия фиксируется с середины XIX века, преимущественно среди мусульманского населения.