Фамилия Айдоян — яркий пример армянской модели фамилии, образованной с помощью патронимического суффикса -ян (вариант -янц). Это самый распространённый способ формирования армянских фамилий, указывающий на принадлежность к роду: буквально «из рода Айда» или «потомок Айда». Основа фамилии — мужское личное имя Айд (или Айдо), которое, в свою очередь, скорее всего, является сокращённой формой от Айваз или Айказ. В армянском именослове такие усечённые варианты были в ходу: от полного имени брали первый слог и добавляли окончание -о для фамильярно-бытового обращения.

Есть и вторая, менее очевидная версия, которую стоит упомянуть. В некоторых диалектах армянского языка «айд» может быть связано с тюркским словом «ай» — «луна», «месяц». В таком случае фамилия могла получить прозвищное значение — «лунный», «светлый». Однако эта гипотеза слабее, потому что армянские фамилии на -ян редко строятся напрямую от тюркских нарицательных слов, если только это не было прозвищем, закрепившимся за конкретным человеком. Гораздо логичнее видеть в основе антропоним.

По географии фамилия Айдоян традиционно распространена в исторической Западной Армении (ныне восточные области Турции), а также в регионах, куда устремились армяне после геноцида 1915 года — в Армении, России, США и Франции. Носители фамилии, скорее всего, потомки ремесленников, торговцев или земледельцев, а не знатного рода, поскольку патронимическая модель на -ян в равной степени охватывала все сословия.

Интересно, что в русском языке фамилия Айдоян не меняет окончания при склонении, если речь идёт о мужчине (Айдоян, Айдояна), но женский вариант остаётся неизменяемым (Анна Айдоян). Это типично для армянских фамилий, вошедших в русский обиход. Если сравнивать с однокоренными, то рядом стоят Айвазян (от полного имени), Айрапетян (от Айрапет) и Айказян — все они восходят к разным формам одного корня, связанного с именем Айк, легендарного прародителя армян.