Фамилия Айдуганова — женская форма фамилии Айдуганов, и её разбор стоит начать с мужского варианта. Он образован по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который в XVI–XVII веках означал «сын такого-то» или «принадлежащий роду». Основа здесь — тюркское личное имя Айдуган. В тюркских языках «ай» означает «луна», а «дуган» (или «туган») — «рождённый», «родной». Вместе имя Айдуган переводится как «лунорождённый» или «рождённый в полнолуние». Это типичное для кочевых народов составное имя: его давали ребёнку, появившемуся на свет в ясную лунную ночь, — считалось, что такой человек будет удачлив и отмечен небесным светилом.

Географически фамилия Айдугановы чаще всего встречается среди татар, башкир и других народов Поволжья и Приуралья — именно там были распространены подобные лунные имена. Встречается она и у русских, но почти всегда указывает на тюркские корни предков. Однако ключевая деталь, которая отличает эту фамилию от многих однокоренных, — архаичный элемент «дуган». В современных татарских и башкирских именах он чаще заменяется на «туган» (ср. Айтуган). Форма Айдуган — более старая, с огузским или кипчакским диалектным влиянием. Это может указывать на происхождение предков из южных степных групп, а не из казанских татар. Таким образом, фамилия Айдуганова хранит след древнего диалектного произношения, что редко встречается даже среди родственных фамилий — например, Айтугановых или Айдаровых.