Фамилия Айдыналиева образована по самой распространённой в русском языке модели — с помощью суффикса -ев, добавленного к мужской форме Айдыналиев. Женский вариант на -а указывает на принадлежность к роду: Айдыналиева — дочь или жена Айдыналиева. Основа фамилии — составное тюркское имя Айдынали.

Разберём имя по частям. Первая часть — «айдын» (в тюркских языках: ясный, светлый, просвещённый). Вторая часть — «али» (от арабского «али» — высокий, возвышенный, или «Али» — имя зятя пророка Мухаммеда, одно из центральных в исламе). Вместе имя Айдынали можно перевести как «светлый Али», «сияющий Али» или «просвещённый возвышенный». Это теофорное имя, то есть включающее в себя имя Аллаха или религиозного деятеля, что характерно для мусульманской традиции.

Фамилия Айдыналиева — тюркская по происхождению, скорее всего, казахская или киргизская. В этих языках имена с компонентом «айдын» встречаются часто, а суффикс -ев (русская адаптация тюркского -ов/-ев) был массово присвоен в XIX–XX веках при переходе на русское делопроизводство. Встречается также вариант написания с буквой «э» — Айдыналиева, что отражает произношение.

В отличие от многих фамилий, которые образованы от прозвищ или профессий, Айдыналиева напрямую восходит к личному имени. Это значит, что предок носительницы фамилии, скорее всего, был назван при рождении Айдынали. Фамилия не указывает на сословие или ремесло — она лишь фиксирует родовое имя, подчёркивая связь с исламской культурой и тюркской традицией именования.