Фамилия Айгужинов — редкий случай, когда в основе лежит не русское, а тюркское мужское имя, причём с довольно прозрачной внутренней формой. Она образована по стандартной русской модели: к тюркскому имени Айгуж(а) добавили русский патронимический суффикс -ин (вариант -ов после твёрдого согласного). Суффикс -ин в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — «Айгужинов» буквально значит «сын Айгужина» или «из рода Айгужина».

Имя Айгуж(а) — составное, типичное для тюркской ономастики. Первая часть, «ай» (луна, месяц), в именах часто означала «красивый, светлый, чистый», а также могла быть компонентом со значением «святой» или «счастливый». Вторая часть, «гуж», скорее всего, восходит к тюркскому «күз» (осень) или к слову «гуз/куз» (сила, мощь). Самая вероятная версия — «ай» + «гуж» как «осенняя луна» или, в переносном смысле, «светлый, как осенняя луна». В тюркских языках осень — пора зрелости и урожая, поэтому имя могло даваться ребёнку, родившемуся осенью, или желали ему быть «зрелым и ясным».

Фамилия Айгужинов распространена в основном в Казахстане и среди башкир, а также встречается у татар. Это указывает на то, что предок носителя фамилии был, скорее всего, из тюркоязычной среды, принявшей православие, или же фамилия была русифицирована при советской паспортизации. В любом случае, это не дворянская и не крестьянская фамилия в привычном русском понимании — она отражает этническое происхождение рода.

Интересно, что в русских документах XIX — начала XX века встречаются варианты написания «Айгузин» и «Айгужин». Форма «Айгужинов» закрепилась, вероятно, под влиянием более привычного для русского уха суффикса -ов, который добавили к основе «Айгужин», чтобы «обрусить» фамилию. Таким образом, фамилия хранит память о древнем тюркском имени, которое в оригинале звучало как поэтичная метафора, а в русском варианте получило стандартную фамильную «приставку».