Фамилия Айкенов сразу выдаёт нерусскую основу, и это главная зацепка для её происхождения. Перед нами типичный пример того, как восточное личное имя обрастало русским патронимическим суффиксом. Суффикс -ов здесь — стандартный ответ на вопрос «чей?», то есть Айкенов буквально означает «сын Айкена». Само имя Айкен, скорее всего, составное и тюркское. Первая часть «Ай» (от тюркского «ай» — луна) — частый компонент в восточных именах, символ красоты и света. Вторая часть «кен» может восходить к тюркскому «кен» (широкий, просторный) или к персидскому «кан» (рудник, источник, сокровище). Отсюда два правдоподобных перевода: «лунный простор» или «лунный источник». Встречается и версия, что это вариант имени Айхан («лунный хан»), где конечное «н» при адаптации в русском языке могло перейти в «кен», но это менее вероятно — слишком разные смысловые акценты.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью (татары, башкиры) и к Казахстану. Но именно суффикс -ов выдаёт среду бытования: он указывает, что фамилия закрепилась в документах у тех, кто жил в смешанной с русскими среде, был крещён или просто оформлял бумаги на русский лад. В чисто русской среде исходное имя Айкен восприняли бы как прозвище, от которого и пошла фамилия.

Интересная деталь: в отличие от многих тюркских фамилий, которые заканчиваются на -ин (например, Айкин), здесь мы видим именно -ов. Это говорит о том, что оформление фамилии происходило не в момент первой фиксации, а позже, под влиянием канцелярской традиции, где -ов был доминирующим патронимическим форматом. Первые носители, скорее всего, были крестьянами или служилыми людьми в пограничных казачьих и инородческих полках. Дворянских родов с такой фамилией в дореволюционных родословных книгах нет, что подтверждает её «народное» происхождение от личного имени без аристократических приставок.