Фамилия Айкенов — одна из тех, где сразу бросается в глаза нетипичная для русских фамилий основа. Она явно не от славянского корня, и это главная зацепка для поиска её происхождения. Скорее всего, перед нами пример фамилии, образованной от тюркского или арабо-тюркского личного имени.

Разбираем словообразовательную модель. Суффикс -ов — стандартный русский патронимический (отвечает на вопрос «чей?»). Он указывает, что фамилию дали по отцу: Айкенов — сын Айкена. Само имя Айкен, скорее всего, составное. Первая часть «Ай» (от тюркского «ай» — луна) — очень частый компонент в восточных именах, несущий символику красоты, света, божественности. Вторая часть «кен» — может восходить к тюркскому «кен» (широкий, просторный) или к персидскому «кан» (рудник, источник, сокровище). Таким образом, имя Айкен можно перевести как «лунный простор» или «лунный источник». Встречается также версия, что это вариант имени Айхан («лунный хан»), где конечное «н» при адаптации в русском языке могло перейти в «кен».

Географически такая фамилия чаще всего встречается у народов Поволжья (татары, башкиры) и у казахов. Учитывая модель образования с русским суффиксом, логично предположить, что фамилия закрепилась за теми, кто жил в смешанной с русскими среде или был крещён, либо просто оформлял документы на русский лад. В русской среде исходное имя Айкен было бы воспринято как прозвище, от которого и пошла фамилия.

Сословная принадлежность первых носителей, скорее всего, была крестьянской или служилой (в пограничных казачьих или инородческих полках). Дворянских родов с такой фамилией в дореволюционных родословных книгах не зафиксировано, что подтверждает её «народное» происхождение от личного имени без приставок и окончаний, характерных для знати.