Фамилия Айханов — один из тех случаев, когда славянский фамильный суффикс встречается с тюркским или кавказским корнем. Суффикс -ов, самый частый в русских фамилиях, отвечает на вопрос «чей?» и указывает на принадлежность роду. Основа здесь — личное имя Айхан, и именно его происхождение определяет историю фамилии.

У имени Айхан несколько версий. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) оно составное: «ай» — луна, «хан» — правитель. Получается «лунный хан» или «сияющий, как луна». У чеченцев и ингушей имя тоже встречается, но трактуется как «воин луны» или «луноподобный». Реже имя связывают с арабским корнем «айн» (глаз, источник), но эта версия менее убедительна и не имеет широкой поддержки в ономастике.

Предок носителя фамилии Айханов, скорее всего, был человеком по имени Айхан — татарином, башкиром, чеченцем или представителем другого тюркоязычного или кавказского народа. Когда он попадал в русскоязычную среду — при переписи, в армии или при переселении, — его имя русифицировали стандартным способом: добавили окончание -ов. Так «Айханов» стало означать «сын Айхана», «из рода Айхана».

Фамилия фиксируется преимущественно в регионах с тюркским и кавказским населением: в Татарстане, Башкортостане, Чечне, Дагестане. Встречается и в среде татарской и башкирской диаспоры. У русских — редко, обычно как результат смешанных браков. Не стоит путать её с фамилией, образованной от имени Айхан, где «ай» означает месяц, или от тюркского «айхан» — «хозяин луны»: первая версия всё же наиболее вероятна.

Социальный состав носителей разнообразен: среди Айхановых встречались и крестьяне, и муллы, и военные. Известных в общероссийском масштабе деятелей с такой фамилией пока не отмечено, что делает её особенно ценной для локальной генеалогии — каждый носитель по-своему уникален.