Фамилия Аймаханова — одна из тех, для понимания которых нужно обращаться не к славянскому, а к тюркскому материалу. Она образована от мужского имени Аймахан по русской патронимической модели с суффиксом -ов, который в женском варианте даёт окончание -а. Мужская форма, соответственно, Аймаханов. В основе лежит сложное имя, типичное для тюрко-монгольского мира: «ай» означает «луна», а «хан» — титул верховного правителя, князя или военачальника. Имя Аймахан можно перевести как «лунный хан» или «хан луны» — не буквально, а как пожелание носителю быть светлым, ясным, благородным, подобно луне. Это поэтичное и редкое имя, что выделяет фамилию среди сотен других тюркских фамилий на -ов, образованных от более распространённых имён вроде Ахмет или Ибрагим.

Такие фамилии на -ов/-ев и -ин у народов Поволжья, Урала, Казахстана и Средней Азии возникали в XIX–XX веках, когда русская администрация фиксировала местное население по отчеству. Аймаханова — буквально «дочь или жена Аймахана». Судя по структуре, предок носителя фамилии был человеком по имени Аймахан, и он, скорее всего, принадлежал к тюркоязычной среде: татарам, башкирам, казахам или ногайцам. Встречаемость фамилии невысока, она сконцентрирована в регионах с сильным татарским или казахским населением — например, в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области, а также в Казахстане.

Суффикс -ов здесь не несёт сословной нагрузки: по этой модели получали фамилии и крестьяне, и купцы, и военные. В отличие от фамилий на -ский, которые чаще встречались у дворян и духовенства, Аймаханова — типичная «народная» фамилия, возникшая в среде, где отчество переходило в родовое имя. Редкость имени Аймахан может указывать на конкретный род или локальную традицию именования: возможно, оно бытовало в узком кругу семей, где ценили архаичные или составные имена с титулом «хан», подчёркивавшим знатность или силу предка.