Фамилия Аймаганов — редкий случай, когда основа не просто прозвище или профессия, а географическое название, причем не русского, а тюркского происхождения. Если разобрать её по составу, мы видим корень «Аймаган» и русский патронимический суффикс «-ов», который буквально означает «сын Аймагана» или «потомок Аймагана». Само же слово «Аймаган» — это, скорее всего, этноним или топоним, адаптированный под личное имя.

Вероятнее всего, в основе лежит слово «аймак» — так у тюркских и монгольских народов называют крупное племенное объединение или административную область (например, аймаки в Бурятии, Монголии, у алтайцев). Форма «Аймаган» могла возникнуть как притяжательное прилагательное или имя, данное человеку из этого аймака. В казахском и башкирском языках есть личное имя Аймаган, образованное от «ай» (луна) и «маган» (мне, для меня) — то есть «луна для меня» или «мой месяц». Однако в качестве фамильной основы более логично выглядит первая версия: предок Аймагановых был выходцем из конкретного аймака или носил родовое прозвище по месту жительства.

С точки зрения географии, фамилия отчетливо тяготеет к Казахстану и южным регионам России (Оренбуржье, Астраханская область), а также к Башкортостану. Встречается она и у татар. Это говорит о том, что фамилия сформировалась в среде, где русская модель образования фамилий на «-ов» наложилась на тюркскую ономастику. Суффикс «-ов» здесь не случайность: он показывает, что носители фамилии либо перешли в русское подданство, либо жили в смешанной этнической среде, где патроним оформляли по русскому образцу.

В сословном плане Аймагановы, скорее всего, были не из знати, а из крестьян или казаков. Аймачная система у кочевников не предполагала наследственных дворянских титулов, поэтому фамилия — типичный пример «народной» ономастики, где человека называли по его родовой территории. Если сравнивать с однокоренными, то Айманов или Аймаков — более распространенные варианты, а Аймаганов — редкая форма с дополнительным суффиксальным наращением, что делает её особенно ценной для генеалогии: она точнее указывает на конкретное лицо, а не на весь род.