Фамилия Аймаганбетов образована от восточного мужского имени Аймаганбет, которое, в свою очередь, является составным и восходит к двум тюркским именам: Ай, что в переводе с арабского на русский язык означает «счастливый», и Маганбет, диалектному варианту имени Мухаммад – «прославляемый».