Фамилия Аймаганбетова — это пример фамилии, которая пришла в русский обиход из казахской антропонимии, а не образована от славянского корня. Встречается она в регионах с компактным проживанием казахов и смешанным населением: в Западном Казахстане, Астраханской, Оренбургской и Омской областях. Для русского уха она звучит экзотично, но её внутреннее устройство прозрачно, если знать язык-источник.

Основа фамилии — мужское имя Аймаганбет. В казахском языке «ай» означает «луна», а «маган» — притяжательная форма от «мен» (я), то есть «моя». Вместе «Аймаган» буквально переводится как «моя луна» — ласковое, поэтичное обращение. Вторая часть, «бет», — это иранское заимствование, означающее «лик», «лицо» или «господин» (ср. с персидским «бек»). Таким образом, имя Аймаганбет можно истолковать как «луноликий», «господин с лунным ликом» или «красивый как луна». Это типичное для тюркских народов составное имя, где к личному прозвищу добавляли титул или пожелание благородства.

Суффикс «-ова» — это русский патронимический (притяжательный) суффикс, который добавили при адаптации фамилии в документах Российской империи. В казахской традиции отчества и фамилии образуются иначе, но в метриках и переписях XIX — начала XX века фамилии часто русифицировали по стандартной модели: к основе имени прибавляли «-ов» или «-ев» для мужчин и «-ова» для женщин. Поэтому Аймаганбетова — это буквально «дочь (или жена) Аймаганбета».

Сословная принадлежность носителей фамилии, скорее всего, была связана с кочевым или полукочевым скотоводческим хозяйством. В казахской степи имена с компонентом «бет» (бек) давали не обязательно знатным людям: к XIX веку эта частица стала распространённым элементом имён, указывающим скорее на пожелание статуса, чем на реальное происхождение от аристократии. Предки современных Аймаганбетовых могли быть зажиточными скотоводами, биями (судьями) или просто свободными общинниками.

Родственных фамилий с тем же корнем много: Аймагамбетов, Аймаганбет (без русификации), Аймаганов, Аймагамбетова — все они восходят к тому же имени, но с разной степенью фонетической адаптации. Вариант «Аймаганбетова» — один из самых точных в передаче исходного звучания, так как сохраняет все четыре слога и глухой «т» в конце основы.